Боевая система игры, в целом, достаточно сильно изменилась по сравнению с пятой частью. Классы остались, однако герои не могут их менять и изучать новые. Родился вором - вором и помрешь. Однако, вообще от класса для героя зависит не очень многое. Все персонажи, по сути, универсальны. Классом героя задаются только его начальные характеристики, уникальная способность (у каждого героя своя, подробнее в разделе "Персонажи") и экипировка (в основном, вид оружия). Сама экипировка почти такая же, что и в предыдущей части, разве что Реликвии вынесли в отдельное меню.

Герой способен экипировать вещи на обе руки (шит и оружие, иногда только оружие), голову (шлемы) и тело (броня). В большинстве случаев персонажи могут использовать самые распространённые виды оружия - мечи и кинжалы. Также броня и шлемы. Некоторые виды экипировки могут использовать только определенные персонажи (например, платье, ясное дело, оденет только девушка), некоторые герои требуют особое оружие (например, Сабин не умеет обращаться ни с чем иным, кроме кастетов). Магию же способны изучать все герои, так что можно сделать настоящие машины смерти, обучив таких сильных героев, как Циян или Сабин, магии, да еще прокачав их магическую силу. Ключом к изучению магии являются призывные существа - Эсперы. Каждый герой может одновременно экипировать только одного эспера. Вызвать в бою монстра можно тоже лишь однажды.

Каждый эспер несет в себе определенную магию. Чтобы выучить ее, необходимо набрать 100% изучения. Причем, пока магия полностью не выучена, она недоступна. Сражаясь в бою, вы будете получать AP. Каждый AP будет добавлять 1% в копилку каждой магии. Но это в том случае, если ее множитель равен 1. Дело в том, что у магии в меню изучения есть множители, которые показывают, сколько % добавиться к изучению магии за 1 AP. Разные эсперы могут нести одну и ту же магию, но с разными множителями, что позволяет выучить ее быстрее. Например, чтобы выучить магию Cure у эспера Kirin (множитель 5), нужно набрать 20 AP, а чтобы выучить ту же магию с помощью эспера Starlit (множитель 25), достаточно набрать 4 AP. Однако Kirin будет одним из первых эсперов, а Starlit вы получите ой как нескоро. Полный список эсперов, включая список их магии и множители, смотрите в разделе "Эсперы".

Кроме того, многие эсперы обладают полезной способностью прокачки какой-либо характеристики, например "сила+2 с каждым уровнем", естественно, эспер должен быть экипирован в момент повышения уровня.

Реликвии приобрели более важное значение - теперь можно экипировать по 2 штуки на героя. Большинство реликвий не просто повышают какую-либо характеристику, а дополнительно добавляют какой-либо пассивный эффект/способность, а некоторые ещё и улучшают и даже изменяют имеющиеся способности. Например, очень полезны Genji gloves (позволяет держать в каждой руке оружие, таким образом нанося два удара за ход, однако нельзя экипировать щит, вторя рука-то теперь занята), Economizer (все заклинания стоят один MP), Earrings (повышение магической силы). Есть реликвии, которые может надеть только определенный персонаж, например Thief glove только для Локи, Rage Ring только для Umaro, Coin rain - только для Setzer и т.д.