В начале игры вам даётся выбор режима: однопользовательский режим (Single-Player Mode) или многопользовательский режим (Multiplayer Mode). Во второй вы сможете поиграть только при наличии хотя бы одной Game Boy Advance. Отличия этих режимов незначительны и влияют только на "more fan". Сюжетную линию возможно пройти и одним персонажем, при этом не натирая мозоли на пальцах.
После выбора режима последует ролик на движке игры, затем откроется ряд окон, в которых вам нужно будет дать название вашей деревне, имя персонажу, выбрать племя, семейное ремесло и... игра началась!

Выбор режима игры		Слоты каравана		Создание персонажа

-- Bring a Friend - данная опция позволяет пригласить персонажа друга, но только в качестве "гостя". Для начала загрузите игру со слота A и вставьте вторую карту памяти в слот B. Затем выберите опцию Bring a Friend, после чего нажмите на Transfer Character и выберите персонажа, которого хотите перенести. Важно помнить, что гость не может получать письма после прохождения подземелья. Чтобы вернуть персонажа на прежнюю карту памяти, вы должны сохраниться и выключить игру. После этого переставьте карты памяти и загрузитесь с той, с которой был взят персонаж друга. Когда персонаж-гость возвращается на свою карту памяти, он забирает с собой только артефакты.
-- Diary - опция служит для занесения записей о вашем путешествии на протяжении всей игры. Записи делаются автоматически после посещения подземелий и локаций, встреч на перекрёстках и др. событиях. Для того, чтобы перевернуть 10 страничек за раз, нажмите или . Для детального изучения записей дневника обратитесь в раздел "Дневник".
-- Set Out - позволяет создать персонажей, которыми вам предстоит управлять. Данная опция имеет два варианта - Select Character и Create New Character. Нажмите на вторую с помощью кнопки , чтобы создать нового персонажа. Выберите пол персонажа, имя, племя, внешний вид и род деятельности семьи, после чего нажмите Confirm или кнопку . Если вы создаёте персонажей в мультиплеере, то другие будут отображаться на экране GBA. Всего можно создать 8 разных персонажей.
-- Save Game - позволяет сохранить игровой процесс. Опция доступна только на карте мира и имеет два слота - А и В. На каждом слоте может храниться по четыре файла сохранения.
-- Options - данная опция предназначена для управления настройками игрового процесса. Она содержит в себе:
Position Markers - показать или спрятать указатель расположения под персонажами;
Sound Mode - выбор stereo или monaural звука;
Music - регулировать уровень музыки;
Sound Effects - регулировать уровень звуковых эффектов;
GBA Colour Balance - регулировать баланс цвета на GBA.

Страницы дневника		Заполненные персонажами слоты		Слоты карты памяти

Меню игрока доступно только в том случае, если вы находитесь в локациях или подземельях. Вы можете зайти в меню, нажав кнопку на GameCube или на GBA. Чтобы выйти на главную страничку меню, нажмите кнопку . В нём вы увидите девять подменю и колонку справа с характеристиками вашего персонажа.

Strength - параметр, влияющий на силу физической атаки;
Defense - показатель сопротивления к повреждениям;
Magic - параметр, влияющий на силу магической атаки;
Memories - показатель числа записей дневника.

• [Command List] - назначение команд и сплава магии для битв.
  

  Данное подменю содержит две стандартные команды (Attack, Defense), которые нельзя удалить, и два пустых слота, которых со временем может стать больше благодаря артефактам. В каждый командный слот вы можете поставить любой предмет (кроме экипировки и аксессуаров), оружие и магициты. Нажмите кнопку , чтобы выбрать предмет на заполнение слота, и затем снова эту кнопку для подтверждения. Также вы можете осуществлять сплав магицитов друг с другом и с оружием. Он будет обозначен оранжевым/фиолетовым цветом и надписью Fuse. Сплав зависит от того, какой магицит стоит первым, а какой - последующим. Поэтому будьте внимательны при соединении двух магицитов. Чтобы убрать сплав, нажмите на сплавленную магию и выберите опцию Split. Следует помнить, что если в командном слоте всегда находится Phoenix Down, то вы будете автоматически воскрешены при статусе К.О.
  
  

• [Items] - просмотр и использование предметов инвентаря.
  
  Подменю позволяет использовать (use) предмет, выбросить (drop) или разрушить (destroy) его.
  Выбросить вы можете всё, за исключением экипировки и оружия. Выброшенная вещь будет лежать рядом с вами, и некоторое время у вас будет возможность вернуть её в инвентарь. Если вы разрушите предмет, то он удалится окончательно из инвентаря.
  Предметы, которые выбранные в подменю Command Slot, не могут быть использованы.
  

• [Equip] - просмотр и управление экипировкой персонажа.
  
  Для экипировки отведено четыре слота. Первый - для оружия (у каждого племени свой вид), второй - для брони, третий - для особой племенной экипировки и четвёртый - для аксессуаров.
  Экипировку нельзя сменить, пока вы несёте кристальную чашу, ёё нельзя выбросить или продать. Для создания элементов экипировки вам нужно иметь свиток, набор определённых материалов, требуемые свитком, некоторое количество гиль и кузнец, который создаст вам предмет.
  
  

• [Artefacts] - просмотр артефактов, полученных после прохождения подземелий.
  
  Здесь вы сможете увидеть все артефакты, которые вы получили после победы над боссами. Артефакт может быть получен единожды. Всего в игре предусмотрено 73 артефакта, которыми игрок может обладать. Для того, чтобы посмотреть описание артефакта, наведите на него курсор.
  Артефакты не могут быть выброшены или уничтожены.
  
  

• [Treasures] - просмотр артефактов, найденных в подземелье.
  
  Вы можете просмотреть те артефакты, которые вы нашли у монстров или в сундуках подземелья, где вы находитесь в данный момент. Их эффект будет носить временный характер, пока вы не покинете локацию (к примеру, найдя артефакт Chocobo Pocket, у вас появится новый командный слот).
  
  

• [Money] - просмотр доступного количества гилей у вашего персонажа.
  
  В этом подменю вы можете просмотреть, сколько у вашего персонажей гилей. Помимо просмотра вы можете выбросить их, однако не в то время, когда вы несёте кристальную чашу.
  
  
  

• [Favourites] - просмотр вкусовых предпочтений в еде.
  
  Каждое племя любит что-то одно и не любит другое. Здесь вы можете просмотреть ваши вкусовые предпочтения. В зависимости от того, что вы больше любите, ваши сердца будут восстанавливаться больше или меньше.Если персонажа кормить любой едой, со временем его вкусы начинают меняться, и он может полюбить всю доступную пищу без исключений.
  
  

• [Family] - просмотр семейного ремесла и отношений с членами семьи.
  
  Вы можете заметить иконки слева, напротив имён ваших родственников, указывающие на их отношение к вам. Всего иконок пять:
  фиолетовая - очень плохие отношения;
  голубая - плохие отношения;
  зелёная - средние (стандартные) отношения;
  оранжевая - хорошие отношения;
  розовая - идеальные отношения.
  В зависимости от ваших отношений с семьёй каждый год вы будете получать скидки на товары (если отец торговец), ковку (если кузнец или портной) и на многое другое.
  

• [Letters] - просмотр писем от персонажей игры.
  
  В этом подменю вы можете просмотреть все письма от семьи, включая ваши ответы. Кроме семьи вам будут присылать письма и второстепенные персонажи. Некоторые письма могут содержать в себе подарки. Также вы можете сами отсылать подарки, что очень важно для улучшения отношений с вашими родственниками.
  Для того, чтобы открыть письмо, нажмите кнопку .
  
  

Карта мира в игре напоминает немного модифицированную Final Fantasy Tactics.
Перемещение между локациями происходит с помощью каравана (3). Вся карта разделена на девять регионов, названия которых пишутся в верхнем левом углу (2). В этих регионах есть подземелья (4) и локации, или только подземелья. Случайных битв на мировой карте нет, как, собственно, и в игре (сражения происходят только в подземельях). Почти в каждом из них есть стихийный источник (5), который меняет элемент чаши (7) для того, чтобы пройти через поток миазмы (8). В конце подземелья вы найдёте дерево мирры (6), которое служит для заполнения кристальной чаши. После того, как чаша будет полная, наступит следующий год (1). Каждый год поток миазмы меняет свой элемент по определённому циклу - Fire >> Water >> Earth >> Wind >> Fire.
Только на карте мира вы можете зайти в главное меню и сохранить игру.

В подземельях, в режиме Single-Player, вы путешествуете только одним персонажем (2). Вашим спутником является мугл по имени Mog (3), который переносит кристальную чашу (4), тем самым освобождая вас от дополнительной ноши.
В левом углу отображается иконка персонажа с его именем и количеством сердец (1). Чуть ниже показаны команды (7) из подменю command list, которые были выбраны игроком. Когда вы побеждаете монстра (9) или открываете сундуки, из них выпадают вещи (6), поднять которые можно с помощью кнопки (это видно на сплывающей подсказке (8)).
Почти в каждом подземелье вы можете найти стихийные источники (5), которые служат для изменения элемента кристалла. Возьмите у мугла чашу и киньте её на источник. После того, как вы попытаетесь забрать чашу, у вас появятся две опции выбора. В первой - забрать чашу, во второй - телепортироваться из подземелья.

При наличии подсоединённой GBA к GameCube вы можете видеть на портативке радар, указывающий ваше местонахождение, расположение сокровищ на карте и показывающий ваши характеристики. Помимо этого у вас будет возможность увидеть требование к получению бонусных очков и просмотреть характеристики недавно убитых монстров. Цвет радара и то, что на нём изображено, зависит от цвета раскраски мугла (подробнее в разделе "Муглы").

Ещё одно нововведение игры - это система пьедесталов и система выключателей. С первого подземелья (River Belle Path) вы столкнётесь с данной системой. Ключи к пьедесталу всегда находятся у монстров. Поэтому, чтобы достать его, вам нужно сначала расправиться с чудовищем. Обнаружив ключ, вам следует отнести его к пьедесталу, который находится возле запечатанных ворот. После соединения ключа с пьедесталом вам откроется ранее недоступная зона.
Для выключателей вам никого не понадобится убивать, однако придётся слегка поднапрячься. Легче всего эта система проходится в Multiplayer режиме. Чтобы активировать выключатели, вам понадобится помощь мугла или кристальной чаши, которую следует бросать на кнопки, расположенные в земле. В некоторых подземельях вам нужно использовать определённое заклинание на определённый выключател, или с помощью Мога одновременно применить два заклинания на два выключателя.

Ключ к пьедесталу		Пьедестал		Система выключателей

Урны бывают двух типов - с маслом и с водой. Служат они для быстрой расправы над врагами, а в некоторых случаях - для открытия проходов. Урна с водой - хороший проводник для молнии и льда, урна с маслом быстро воспламенится с помощью огня. Прежде чем использовать магию, разбейте урну возле монстров, которых хотите уничтожить, а затем уже можете применять нужное заклинание.

Урна с водой		Урна с маслом		Поджог урны

Когда вы находитесь в мирных локациях, управление немного отличается от того, что в подземельях (подробно изложено выше). Вы можете общаться со всеми доступными NPC и совершать покупки у торговцев. Вы не найдёте сундуки в городах. В них есть только убежище мугла и секретные предметы (подробнее в разделе "Секреты и квесты").

Интерфейс локации		Разговор с NPC		Магазин

Горение (Burning) - понижает на время защиту и скорость передвижения. Снимается с помощью заклинания Clear или со временем проходит само;
Обморожение (Frozen) - лишает возможности предпринимать какие-либо действия. Если вы атакованы во время обморожения, сила физической атаки монстра наносит урон в два раза сильнее. Лечится временем, кнопками передвижения (назад-вперёд) или заклинанием Clear;
Паралич (Paralysis) - парализует персонажа на короткий промежуток времени. Лечится так же, как и обморожение;
Замедление (Slow) - замедляет все действия персонажа, включая атаку и Focus Attack. Снимается заклинанием Clear, Haste или проходит само через некоторое время;
Стоп (Stasis) - останавливает персонажа на некоторое время. Лечится с помощью Clear или временем;
Ускорение (Haste) - ускоряет все действия персонажа. Убирается магией Stop, Slow и Clear;
Отравление (Poison) - отнимает у персонажа по половине сердца каждые 5 секунд. Лечится магией Clear или проходит со временем;
Окаменение (Petrification) - заклинание, типичное стопу и обморожению. При данном статусе персонаж становится уязвимым к физическим атакам и магии Gravity. Излечивается магией Clear или проходит со временем;
Проклятье (Curse) - уменьшает все характеристики персонажа вдвое. Лечится магией Clear и временем;
Смерть (K.O.) - персонаж мёртв и не может выполнять больше никаких действий. В Single-Player'е с экипированным Phoenix Down, персонаж воскрешается автоматически. В Multiplayer'е статус К.О. лечится магией Life или предметом Phoenix Down.