В отличии от многих частей Final Fantasy, в Crystal Chronicles нет системы MP, ограничивающей использование заклинаний в n-ое количество раз. Вместо этого в игре предусмотрено альтернативное решение:
В подземельях, в сундуках или у монстров вы можете найти магические сферы разных цветов, называющиеся магицитами (magicite). Если их экипировать персонажу в командный слот, у него появится возможность использовать то или иное заклинание бесконечное число раз. В зависимости от выбранного племени игроку нужно некоторое время для подготовки к использованию магии (быстрее всего это выходит у Юков).

Существует 6 разновидностей магицитов: Fire Magicite, Blizzard Magicite, Thunder Magicite, Cure Magicite, Life Magicite и Clear Magicite. Однако на шести заклинаниях игра не ограничивается. В Single-Player Mode существует такая функция как сплав (fuse), благодаря которой можно получить 17 уровней заклинаний из 39-ти. В Multiplayer Mode этой функции нет, и игрокам, чтобы достичь похожего эффекта слияния, нужно одновременно (или по строгой очереди) использовать те же заклинания, соединяя магические круги воедино. В Single-Player игрок может использовать точно такой же сплав вместе с Могом, но именно в мультиплеере можно получить все 39 видов заклинаний. Также магициты можно сплавлять с оружием, чтобы получить специальные элементные атаки.
Учтите, что после прохождения подземелья все магициты исчезнут из меню игрока. Для того, чтобы иметь при себе несколько заклинаний всегда, вам нужно обзавестись соответствующим артефактом, однако их всего 5 (отсутствует альтернатива магии Clear). Эти артефакты можно сплавлять как в Multiplayer Mode, так и в Single-Player.